Ve zmiňovaném nastavení sw se pouze nastavuje lineární přepočet mezi hodnotou proudu (kterou měří logger) a hodnotou veličiny měřené snímačem. Pro tento přepočet je nutné nastavit dva body, zpravidla se používají hodnoty z okrajů rozsahu. Nevím jaký rozsah měření má Vaše sonda, ale zadáte výšku hladiny pro sondou generovaný proud např. 4mA a pro 20mA. Tento přepočet ale nemůže způsobit odchylky v čase o nichž se zmiňujete. Prověřte, zda odchylka není v rámci přesnosti měření sondy+přesnost loggeru.
Podle mého názoru by běžící čerpadlo mohlo rušením způsobovat nestabilitu měřené hodnoty ("poskakování" údaje kolem správné hodnoty), ale ne stále vzrůstající odchylku na jednu stranu.